Fin dalla sua apertura al pubblico nel 1987, la direzione del Museo Cantonale d’Arte è affiancata da una commissione scientifica, composta da cinque esperti.
La commissione ha il compito di garantire al Consiglio di Stato le scelte del direttore del Museo per quanto riguarda la programmazione espositiva, le acquisizioni per la collezione e più in generale le scelte strategiche per lo sviluppo dell’Istituto.

Attualmente la commissione è così composta:

Presidente
Gianna Mina
direttrice del Museo Vincenzo Vela di Ligornetto
e Presidente dell’Associazione dei Musei Svizzeri

Membri
Stephan Kunz
direttore Bundner Kunstmuseum Coira
Simona Martinoli
storica dell’arte
Dominique Radrizzani
storico dell'arte, già direttore del Musée Jenisch di Vevey Dieter Schwarz
direttore Kunstmuseum Winterthur